XMVB自己的轨道文件格式与通用格式不一致,需要转换才能使用,而XMVB自带的转换工具对于fchk输出的轨道有问题,d,f基函数顺序也不同
GAMESS没有试过,GAMESS版XMVB没有编译成功,GAMESS也坏掉了(×)
这里提供几个实用.py脚本,可以从GitHub获取
vb2molden.py
1 | python vb2molden.py <.orb文件> <.xmo文件> |
(文件名不包含后缀)
该脚本从.orb中读取轨道信息,从.xmo文件中读取分子结构、基组、基函数数量(需要int=libcint
)
输出与.orb文件名相同的.molden
molden2gus.py
1 | python molden2gus.py <.molden文件> |
借用了pyscf.tools.molden,需要安装pyscf才能使用
该脚本读取.molden文件中的轨道给XMVB提供初猜
输出记录初猜轨道的.gus文件和记录初猜轨道的_gus.molden文件
将Gaussian等软件输出的轨道定域化之后使用此脚本提供初猜
使用方法:
输入<原子> <轨道>
例如: 2,4 6-8,9
将2,4号原子的第6~8,9轨道添加到初猜中(添加4个轨道)
输入a <轨道>
添加所有原子
输入r<角度> <轨道1>,<轨道2>
旋转两个轨道(乘对应的2维旋转矩阵)
输入m<数字> <轨道>
将轨道系数乘以<数字>(可以是负数)
输入q
退出
可以将输入写到.txt
文件中使用< .txt
提供输入
gus2molden.py
1 | python gus2molden.py <.xdat文件> <.xmo文件> |
该脚本读取.xdat文件中的初猜轨道,从.xmo文件中读取分子结构、基组、基函数数量(需要int=libcint
)
输出与.xdat文件名相同的.molden
用于检查初猜
sortw.py
1 | python sortw.py <.xmo文件> <参数(可选)> |
排序权重/系数
默认参数为w
w: WEIGHTS OF STRUCTURES
l: Lowdin Weights
i: Inverse Weights
r: Renormalized Weights
c: COEFFICIENTS OF STRUCTURES
lc: LOWDIN ORTHOGONALIZED COEFFICIENTS OF STRUCTURES
no2molden.py
1 | python no2molden.py <.xmo文件> |
读取xmvb.no中的自然轨道,从.xmo文件中读取分子结构、基组、基函数数量(需要int=libcint
)
输出与.xmo文件名相同的.molden
如果怀疑轨道文件不正确可以用Multiwfn的1000 100功能检查波函数是否归一化
- 本文链接: https://usu171.uk/2024/09/05/xmvb-tools/
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